依现有的临床证据显示，给予骨髓来源的单核核细胞或是 CD34+ 干细胞并不会对病患造成严重的副作用，总体而言，干细胞治疗的安全性是可以被接受的。但干细胞治疗仍有一些潜在问题，包括：干细胞可能分化为具节律细胞特性的心肌细胞而可能发生心律不整的机会，或可能增加血管支架发生再狭窄的机会（在一项临床研究中显示，给予CD133+ 干细胞可能会有此副作用），以及可能加速动脉粥样硬化疾病的进展等，这些可能的副作用皆需要进一步研究来澄清这些问题。另外，所有目前的临床试验后续观察的时间皆不够久（最长的约五年），而且参与研究的病人数亦不够多，因此干细胞治疗缺血性心脏病是否会增加肿瘤血管新生或增加癌症发生的机会等严重副作用，皆需要更大型与更长时间的临床研究与观察才可获得证实。

另一个重要的问题是，干细胞治疗对于心肌梗塞患者是否具有长期的治疗效果？从BOOST trial 研究中发现，儘管在给予骨髓干细胞治疗后半年可以观察到好处，但是这样的治疗效果在一年半左右就消失了。另外在TOPCARE-AMI trial 则发现在经过一年的追踪，接受干细胞治疗的实验组病人相较于对照组，仍然可以获得治疗的好处。但是不可否认的在这个重要议题上，仍需要更大型的临床研究与更长时间的观察来回答这个问题。

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